Program studi S2 Fisika Universitas Gadjah Mada awalnya bernama program studi S2 Ilmu Fisika, didirikan secara resmi berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, Republik Indonesia, dengan SK no: 580/Dikti/Kep/1993 tertanggal 29 September 1993, dengan nama prodinya adalah prodi S2 Ilmu Fisika. SK tersebut diperbaharui dengan SK Dirjen Dikti no 153/DIKTI/Kep/2007 tertanggal 21 September 2007, dengan nama prodi yang sama. Dengan SK Rektor UGM Nomer 526/P/SK/HT/2008, Tentang Penataan dan Penetapan Kembali Izin Penyelenggaraan Program Studi di Uniersitas Gadjah Mada, tertanggal 24 November 2008, program studi S2 Ilmu Fisika UGM diubah namanya menjadi Program Studi S2 Fisika.
Program Magister S2 Ilmu Fisika Terakreditasi “A” untuk Tahun 2006 – 2011 Sertifikat Akreditasi BAN-PT berlaku dari 02 Februari 2001 hingga 02 Februari 2011
Sertifikat Akreditasi Magister Fisika Tahun 2006-2011
Program Magister S2 Ilmu Fisika Terakreditasi “A” untuk Tahun 2011 – 2016 Sertifikat Akreditasi BAN-PT berlaku dari 21 Juli 2011 hingga 21 Juli 2016
Sertifikat Akreditasi Magister Fisika Tahun 2011-2016
Program Magister S2 Ilmu Fisika Terakreditasi “A” untuk Tahun 2016 – 2021 Sertifikat Akreditasi BAN-PT berlaku dari 26 Agustus 2016 hingga 26 Agustus 2021
Sertifikat Akreditasi Magister Fisika Tahun 2016-2021
Program Magister S2 Ilmu Fisika Terakreditasi “Unggul” untuk Tahun 2021- 2026 Sertifikat Akreditasi BAN-PT berlaku dari 9 Nov 2021 hingga 9 Nov 2026
